Die gemeinnützige Stiftung PanEco finanziert sich durch Spenden von Privatpersonen und Förderstiftungen, Kantonsbeiträgen und Erträgen aus den Projekten. PanEco ist der eidgenössischen Stiftungsaufsicht unterstellt und seit dem Jahr 2006 mit dem Zewo-Gütesiegel ausgezeichnet. Über die finanzielle und inhaltliche Entwicklung wird in der Jahresrechnung und dem Jahresbericht Rechenschaft abgelegt.